Um registro de SRV deve existir em um nome como _service._protocol.example.com. .
A menos que fosse esse nome específico que você transformou em um alias, as consultas para esse nome não seriam afetadas.
Também vale a pena observar que um registro de CNAME não é permitido no ápice da zona. Um nome não pode ser definido para ser um alias de outro nome e ter dados adicionais próprios e o ápice da zona sempre terá pelo menos SOA e NS registros.