Eu trabalho com um enorme cluster cPanel DNSONLY, 4 servidores em cluster com mais de 60-80 servidores compartilhados conectados a eles.
DNSONLY fez muito progresso e é certamente impressionante no momento, eu nunca tive nenhum problema com isso, é plug and play, realmente. A documentação é muito clara, o cPanel é muito mais avançado e profissional do que o cPanel que conhecíamos anos atrás.
As especificações dos meus servidores DNS são: 4 GB de RAM, Velociraptors de 300 GB, Quad-core Xeons. Além disso, diferentemente do que você disse, RAM é uma das coisas mais importantes em um servidor DNS, porque o que o named fará é armazenar em cache as solicitações na memória, portanto as solicitações serão muito mais rápidas, em vez de girar o disco rígido. Você provavelmente não tem que ir a 10K RPM HDD, mas é importante se concentrar mais na RAM do que qualquer outra coisa, agora em meus servidores DNS, toda a memória RAM está cheia de cache, o que é bom.
Eu realmente sugeriria um bom VPS também, porque seus servidores DNS se tornarão seu ponto de falha nesse caso, e a diferença é que, se um servidor DNS parasse antes, seriam apenas os clientes naquele servidor, agora falha de todos os seus servidores DNS = falha completa e catastrófica de tudo. Não fique barato nisso, vai te morder de volta.
Há necessidade de configurar algum método estranho de rsyncing e ter cronjobs, basta usar o cPanel DNSONLY, é grátis, tem uma interface legal decente e apenas funciona sem problemas.
Para finalizar, coloque em bom hardware. Empilhe na RAM. Não sai barato, será um grande ponto de falha. Boa sorte. Demorei cerca de 1 dia para criar servidores DNS (4) e depois vincular todos os servidores 60-80ish a eles.
Deixe-me saber se você tem alguma dúvida, tendo trabalhado com o cPanel nos últimos 8 anos, aprendi algumas coisas. :)