Sim, você pode fazer. Você pode executar qualquer domínio filho (subdomínio) em um servidor diferente usando um aplicativo de servidor da web diferente (Apache, IIS, etc.). Tudo o que você pode fazer é criar um subdomínio (registro A) no painel de controle fornecido pelo registrador para seu domínio principal e apontar para o IP em que o servidor da Web do subdomínio está em execução.
Certifique-se também de que o seu ServerAlias (no caso do servidor Apache), como o seu nome de subdomínio fqdn. Deve ser o mesmo para a configuração de outros servidores da Web.