Muitas vezes, acho que esse comportamento divergente pode ser atribuído a diferenças na configuração. Para isso, eu escrevi um script ( link ) para achatar o httpd.conf para que eu pudesse diff-lo para que eu pudesse fazer auditoria para tais diferenças entre os nós do cluster ou entre os ambientes (mesmo sobre SSH)
No entanto, ele não verificará os arquivos .htaccess, mas ainda pode ajudar a localizar facilmente os arquivos .htaccess:
find $(httpd-dump-config | grep -i DocumentRoot | awk '{print $2}') -type f -name '.htaccess' -print
Eu não recomendo tentar o acima com ssh & diff como mostrado abaixo (porque o escape vai te matar)
Comparando a configuração de duas máquinas que não são .htaccess:
diff <(httpd-dump-config) \
<(ssh webserverB.dom httpd-dump-config)
Existe também a possibilidade de que um redirecionamento possa ser emitido a partir do código (como o PHP enviando um cabeçalho Location, tal como muitas vezes cheio de lixo ou de outra forma escondido em muitos PHP que eu vi).