A diretiva access_log é válida dentro de if , então você pode simplesmente adicionar uma lá.
No entanto, , a sua presença substitui qualquer um que apareça acima na hierarquia, por isso, se adicionar uma entrada, a solicitação não ser logado em qualquer log de acesso que você normalmente registra para aquele servidor.
Para contornar isso, você pode usar duas access_log diretivas dentro de if , uma que repete o log de acesso normal e uma para seu log de acesso especial (que também pode usar um log_format diferente, se desejar).