Provavelmente, seu driver está adicionando pedidos de classificação implícitos que estão saindo fora dos índices, especialmente se você estiver usando índices compostos em qualquer um desses campos. Você precisa executar um .explain()
na consulta do aplicativo e, em seguida, na consulta do shell mongo e comparar as saídas dos dois. Você também deve comparar a linha de log que é registrada quando o aplicativo faz a consulta versus quando o shell faz a consulta. Anote os índices, especialmente os índices compostos e a ordem de classificação em comparação com a ordem de classificação da consulta.