Os computadores membros do domínio do Windows, por padrão, adicionarão automaticamente o nome do domínio como um sufixo de pesquisa DNS. Para máquinas que não são membros do domínio (ou máquinas que não são do Windows), fornecer o nome de domínio via DHCP ou especificá-lo em um arquivo de configuração normalmente é o único meio usado para configurar um sufixo DNS.
Se eu estivesse em sua posição, eu descobriria o que "quebra" em "alguns servidores linux" (sic) e resolveria esse problema, em vez de tentar criar uma maneira não padronizada de fornecer o nome de domínio para máquinas clientes.