Talvez o lsof (listar arquivos abertos) possa ajudar você está aí.
Para listar todo o processo que está usando um arquivo específico:
lsof /path/to/your/specific/file
Adicionar a opção -t
só retornará os PIDs que usam o arquivo fornecido.
Então, a partir daí, você pode matar todo o processo que está usando o arquivo específico:
lsof -t /path/to/your/specific/file | while read PID; do kill -9 $PID; done
Ou algo parecido:
kill -9 $(lsof -t /path/to/your/specific/file)