Encontrei uma resposta na minha pergunta, o seguinte erro também é apresentado no arquivo de log de erros do apache:
mod_fcgid: lê o tempo limite dos dados em 45 segundos Final prematuro dos cabeçalhos de script: index.php
Isto vem da configuração rápida do cgi, eu aumentei o valor do IOTimeout em /etc/httpd/conf.d/fcgid.conf
FcgidIOTimeout 45 para FcgidIOTimeout 300