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Use o Backup do Windows Server.
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O Backup do Windows Server não salva "muitos dados desnecessários", ele salva tudo o que é necessário para realizar uma restauração bare-metal se você executar um backup completo do servidor ou um backup que tenha a opção bare metal recovery selecionado. Se você não quiser que o backup salve tudo o que é necessário para executar uma restauração bare-metal, um backup bare-metal não é o que você está procurando.
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Você não pode ter seu bolo e comê-lo também. Se você quiser um backup que permita a recuperação do servidor da maneira mais rápida e eficiente, um backup completo do servidor ou um backup com a opção bare metal recovery selecionada é o que você precisa. Se você quiser escolher o que será salvo, um backup completo do servidor ou um backup que tenha a opção bare metal recovery selecionada não é o que você precisa e você terá que recorrer à reconstrução do servidor e à instalação dos Roles and Features. você deseja e, em seguida, restaurar os dados dos quais fez backup.