Assumindo todos os discos giratórios e sem discos flash, o layout "correto" tradicional seria a opção 2 porque isola a IOPS dos logs de transação dos arquivos do banco de dados. Essa é a decisão certa na maioria dos casos de uso. Há cargas de trabalho que não se beneficiam desse layout, mas quase nenhuma carga de trabalho do mundo real que sofra com isso.
Se você tiver um cache de gravação grande (1 GB ou mais) em seu controlador RAID (e você deve usar o desempenho sério), o layout terá um impacto ainda menor. Nesse caso, escolha a opção 1.
Além disso, se você escolher a opção 1, não faça volumes separados para os logs e dados. A única coisa que os volumes separados na mesma mídia física geram são dores de cabeça quando você percebe que escolheu os tamanhos errados e é difícil mudar agora.