O Iptables tem um módulo proprietário que você pode usar
This module attempts to match various characteristics of the packet creator, for locally-generated packets. It is only valid in the OUTPUT chain, and even this some packets (such as ICMP ping responses) may have no owner, and hence never match.
Você gostaria de usar
--uid-owner userid Matches if the packet was created by a process with the given effective user id.
Você só precisa combinar isso com outros parâmetros adequados do iptables, por exemplo. --dport para fazer o filtro que funciona para você.