Primeiro, livre-se do phpMyAdmin. É apenas um buraco de segurança gigante e nem tem uma interface muito bonita. Você verá que quase nenhum DBAs profissional ou administradores de sistema irão chegar perto dele. Não é mesmo necessário, já que os fundamentos do SQL não são difíceis de entender.
Segundo, os próprios arquivos de banco de dados estão no datadir
do MySQL, então apenas verifique isso em /etc/my.cnf
ou pergunte ao MySQL onde ele está.
SHOW VARIABLES LIKE 'datadir';