Isso não faz muita diferença. No entanto, uma estratégia de nomenclatura útil é atribuir registros de nomes de máquinas que sejam amplamente indicativos de seu uso principal, ou seja, web01, web02, db01, mail01 e, em seguida, usar registros CNAME para apontar os nomes de serviços específicos para essas máquinas, por exemplo, www, ftp, mysql.
Assim, por exemplo, no seu caso, você poderia criar um registro A dando um IP para theserver.foo.com
Você pode criar um registro CNAME application.foo.com que aponte para o nome theserver.foo.com
Um dia, quando você decidir hospedar o aplicativo2 em theserver.foo.com, você poderá criar um CNAME que aponta o application2.foo.com para o nome theserver.foo.com
Se você precisar mover o aplicativo para um servidor diferente, digamos, server2.foo.com você pode apenas alterar o registro CNAME para application.foo.com para apontar para server2.foo.com em vez de theserver.foo.com
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