Você pode restringir o acesso ao MySQL pelo iptables, por exemplo,
# iptables -I INPUT -p tcp --dport 3306 -s 192.168.0.0/16 -j ACCEPT
Você também pode restringir o próprio usuário mysql
mysql> grant all privileges on test_db.* to test_user@'192.168.%' identified by '1234567';