Primeiro, diga ao departamento de segurança para ficar de fora de coisas sobre as quais eles não sabem nada.
Em segundo lugar, o nginx na EPEL está recebendo claramente atualizações regulares .
Por fim, se você realmente precisa se manter atualizado sobre o nginx (e eu o recomendo), basta usar o próprio nginx repositório estável . Está sempre atualizado e deve tornar a segurança feliz. Ou pelo menos menos louco.