É possível combinar dois diretórios separados no mesmo lugar no Windows usando links simbólicos?
Algo parecido com isto:
mklink /J c:\Merged c:\Data\Dir1
mklink /J c:\Merged c:\Data\Dir2
O que não funciona realmente porque o C: \ Merged não pode ser criado duas vezes.
Ou talvez exista uma forma alternativa de dong que não seja links simbólicos?
Não é assim que os links simbólicos funcionam. (Então a resposta para sua pergunta é "Não", pelo menos não com links simbólicos).
O que você está procurando é chamado de Montagem da União - não tenho conhecimento de nenhuma maneira de fazer isso em Windows, embora possa ser possível e eu nunca vi isso ...