O console da AWS fornece apenas acesso a funções que podem funcionar sem acesso ao sistema de arquivos da sua instância. As AMIs de loja de instâncias realmente têm os arquivos empacotados, compactados e criptografados - e, portanto, precisam de acesso ao sistema de arquivos. Para criar essa AMI, você precisa usar a linha de comando, de dentro de uma instância. (Observe a diferença entre isso e uma instância suportada pelo EBS - com o último, um instantâneo pode ser gerado do dispositivo de bloco, independentemente do conteúdo desse dispositivo.
O processo de criação de uma AMI de uma loja de instâncias é bem documentado pela AWS. Essencialmente:
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ec2-bundle-vol
para criar a AMIec2-bundle-vol -d /mnt -k $EC2_PRIVATE_KEY -c $EC2_CERT -u USERID -s SIZE
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ec2-upload-bundle
para salvá-lo no S3ec2-upload-bundle -b BUCKETNAME -m MANIFESTFILE -a ACCESSKEY -s SECRETKEY
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ec2-register
para registrar a AMI (esta última pode ser feita a partir do Console da AWS).
Dependendo do cenário específico, você também poderá copiar o conteúdo do seu volume de armazenamento de instância para um volume do EBS e converter sua instância em uma instância de backup do EBS (o que seria uma abordagem melhor). Consulte esta pergunta para alguns pontos adicionais.