Em vez de executá-lo em uma sessão de tela, você deve poder usar:
krenew -t -- sh -c './my_app config.xml > results/test.txt' &
Observe o & detaching krenew do seu shell, mas não o seu aplicativo do sh gerado. O parâmetro -t obtém um token do AFS junto com seu tíquete do Kerberos. Você só precisa disso se seu comando precisar acessar um sistema de arquivos do AFS.