Portanto, há duas perguntas que precisam ser consideradas:
1) Dado o tamanho do meu site, como posso gerar backups válidos?
2) Dados esses grandes backups, como faço para obtê-lo do meu servidor para que ele funcione como um backup.
A primeira pergunta pode ser resolvida fazendo um backup sem o homedir e então fazendo um backup homedir. O homedir é provavelmente a maior parte do espaço em disco e muda muito menos freqüentemente. O backup do cpanel terá bancos de dados e e-mail importantes para manter a corrente.
A segunda pergunta é como você tira isso do servidor. Eu ficaria longe do FTP e usaria o Rsync. O Rsync pode retomar um download concluído pela metade e deve estar disponível se você tiver acesso de login SSH.