Knowing which country that the attack is coming from is it possible to defend against the attack by blocking that country in my .htaccess file?
Não.
Or does the attack happen on a higher level before the .htaccess is in the picture?
Sim - as inundações de SYN são essencialmente ataques à construção de uma conexão, antes que o Apache tenha uma chance de saber o que está acontecendo. Wikipedia descreve bem .