Se é algo que podemos compilar e construir, tendemos a lançar RPM / DEB empacota nós mesmos. Dessa forma, podemos nos beneficiar do uso de algumas das ferramentas usadas pela distribuição para testar seus pacotes (fazendo a compilação em um chroot limpo, lintian para verificações automáticas dos pacotes Debian e assim por diante).
Além disso, podemos configurar nosso próprio repositório de pacotes para implantar o software nos nós e podemos integrá-los em ferramentas como fantoches. Acompanhar facilmente a versão do software atualmente instalado através de um conjunto comum de ferramentas também usado pela distribuição também é um grande bônus.
Essa abordagem tem uma curva de aprendizado um pouco mais acentuada do que a tradicional "./configure; make / make install", mas ela está completamente documentada e facilita muito a implantação de software.
A desvantagem é que essa abordagem não é viável quando se trata de software proprietário e pré-compilação.