Sim, 50% significa que está usando apenas um núcleo.
(EDIT: substituiu a resposta sobre a afinidade da CPU com a resposta sobre o SQL Express sendo limitado a uma CPU).
Isso ocorre porque o MSSQL vê cada vCPU como uma CPU, em vez de um núcleo, e o MSSQL Server Express é limitado para uso em apenas uma CPU. Então, deixar o SQL usar todo o poder de processamento pelo qual você está pagando exigirá o uso de uma versão diferente do MSSQL ou de uma implementação SQL diferente (como o MySQL ou algo semelhante).