Use o prefixo =
location para determinar a correspondência exata. Como está escrito em documentação do nginx : "Se uma correspondência exata for encontrada, a pesquisa será encerrada. "
Assim, sua localização deve ser semelhante a:
location = /publish/domain.io.php { allow 127.0.0.1; deny all; # Gives 403 }
ou
location = /publish/domain.io.php { internal; # Gives 404 }