Use o prefixo = location para determinar a correspondência exata. Como está escrito em documentação do nginx : "Se uma correspondência exata for encontrada, a pesquisa será encerrada. "
Assim, sua localização deve ser semelhante a:
location = /publish/domain.io.php {
allow 127.0.0.1;
deny all; # Gives 403
}
ou
location = /publish/domain.io.php {
internal; # Gives 404
}