De acordo com o seu log, algo está chamando o utilitário shutdown para executar o encerramento. Eu substituiria (temporariamente) /sbin/shutdown por um script que registra um monte de informações, algo como o seguinte:
#!/bin/bash
set > /shutdown.env
ps auxfwww > /shutdown.ps
Você pode então procurar por PPID= em /shutdown.env e procurar por /shutdown.ps para ver o que esse pid era.
(Não se esqueça de chmod +x do script depois de colocá-lo no lugar. Eu o executaria apenas uma vez para ter certeza de que funciona).