você pode deixar o próprio mysql escutar conexões em todas as interfaces [comentário out bind-address em my.cnf] e controle o acesso usando o iptables:
#allow connections from the vpn. insert vpn address range below
IPTABLES -A INPUT -s 192.168.15.0/24 -p tcp --dport 3306 -j ACCEPT
#allow local connections eg your scripts running locally
IPTABLES -A INPUT -s 127.0.0.1 -p tcp --dport 3306 -j ACCEPT
#deny any other attempts of connecting to mysql
IPTABLES -A INPUT -p tcp --dport 3306 -j DROP
você pode ser mais elaborado e adicionar -i para especificar uma interface específica.