O nível funcional do domínio nunca é automaticamente elevado, deve ser iniciado manualmente. Isso ocorre porque é responsabilidade do administrador garantir que todos os controladores de domínio possam suportar esse nível funcional e que todas as atividades de configuração de pré-requisitos (por exemplo, adprep) tenham sido concluídas.
Com isso dito, se você tiver mais de um controlador de domínio, acredito que seja a melhor prática primeiro dcpromo o controlador para removê-lo das responsabilidades do controlador de domínio antes de atualizá-lo para a nova versão. Como sou paranóico, gosto de fazer instalações de CD limpas, em vez de upgrades, para reduzir o risco.