Se você acha que isso é devido ao MySQL, eu verificaria o seguinte:
- Execute mysqltuner.pl , ele informará onde problemas óbvios com sua instalação do MySQL estão.
- Ative e monitore o MySQL Slow Query Log, ele registrará todas as consultas que levam mais de N segundos para serem concluídas (onde N é configurável). As consultas podem informar se esse problema está relacionado ao WordPress ou a outra coisa. Consulte os documentos do MySQL para obter mais informações.
Olhando para os gráficos, eu também verificaria se você pode correlacionar os horários de pico com o seu access.log. Talvez você possa ver no log se essas solicitações são solicitações legítimas da Web.