É para isso que os sistemas de arquivos diários são usados.
Se ocorrer uma falha e o sistema for reiniciado, ele não saberá se foi a meio caminho da modificação de arquivos - portanto, ele precisa verificar cada arquivo para descobrir. Com um sistema de arquivos journalling (meta-data), o SO grava no disco um esboço das alterações que pretende fazer no diário. Em seguida, aplica essas alterações. No arranque, portanto, só tem de verificar o diário para ver se houve uma operação de escrita no momento da interrupção. Além disso, se houver uma operação incompleta, ela poderá decidir se possui informações suficientes para concluir a alteração ou se deve reverter a alteração. A maioria dos sistemas de arquivos com registro de datas (ext3, 4, XFS, JFS, Reiser) só se preocupam com metadados - ou seja, entradas de diretório. Mas existem sistemas de arquivos que replicam planejam toda a transação de gravação (BtrFS, ZFS). Observe que o que um sistema operacional percebe como sendo uma transação de gravação pode ser diferente do que seu sistema operacional acha que é (particularmente para bancos de dados). Assim, mesmo o diário de dados completo não detectará todos os problemas. O ponto é que o sistema de arquivos está em um estado consistente.
Qualquer sistema de arquivos montado somente para leitura não exigirá um fsck na inicialização (a menos que a contagem regressiva de montagem atinja 0).
Além disso, não há nada com que você realmente precise se preocupar.
É claro que existem muitos sistemas Linux que serão inicializados e executados a partir da RAM. E em praticamente qualquer distribuição Linux, você pode usar o tmpfs para criar drives RAM se precisar de armazenamento de gravação que não persista durante as reinicializações.