Encontre o ID do processo com ps
e envie um sinal para parar de usar kill
- Acredito que os sinais HUP
ou INT
permitirão que o processo java seja encerrado normalmente; teste para confirmar.
Melhor ainda, você deve estar usando um serviço adequado para executar o Solr - o Tomcat pode fazer isso, ou o Jetty pode ser executado como um serviço.