Encontre o ID do processo com ps e envie um sinal para parar de usar kill - Acredito que os sinais HUP ou INT permitirão que o processo java seja encerrado normalmente; teste para confirmar.
Melhor ainda, você deve estar usando um serviço adequado para executar o Solr - o Tomcat pode fazer isso, ou o Jetty pode ser executado como um serviço.