Você precisa alterar as chaves. Em sua instância, use ssh-keygen para fazer isso, por exemplo,
ssh-keyget -t rsa -b 2048
Enter file in which to save the key (/root/.ssh/id_rsa):
Enter passphrase (empty for no passphrase):
Enter same passphrase again:
Your identification has been saved in /root/.ssh/id_rsa.
Your public key has been saved in /root/.ssh/id_rsa.pub.
The key fingerprint is:
35:dc:34:c2:98:89:8b:4a:e2:f7:71:ad:09:02:83:57 [email protected]
Agora você tem uma chave pública (/root/.ssh/id_rsa.pub) que precisa ser adicionada ao arquivo /root/.ssh/authorized_keys
cd $HOME/.ssh
cp authorized_keys authorized_keys.safe
cat id_rsa.pub >> authorized_keys
Você terá que remover a chave antiga do arquivo authorized_keys depois.
Não faça logout.
Copie a nova chave privada (/root/.ssh/id_rsa) para sua máquina Windows e use o puttygen para importar e salvar como você fez anteriormente.
Verifique se você pode efetuar login usando as novas chaves. Se você puder remover a chave antiga da sua instância.
cat id_rsa.pub > authorized_keys
Não faça logout.
Agora, verifique novamente se você pode fazer login usando suas novas chaves
Você realmente não deve usar a conta root dessa maneira. Você deve criar contas de usuário separadas para todos que precisam de acesso ao seu sistema. Você deve então usar sudo para conceder-lhes acesso aos comandos que eles precisam para fazer o trabalho. O Sudo é parte da instalação básica para a maioria das distribuições do Linux.