Eu não sei para que servem, mas aqui estão três comandos que criarão esses arquivos e os preencherão com o mesmo conteúdo que minhas cópias de /etc/init.d/.depend.{stop,start,boot}
sudo install -b -m 644 <(<<EOF
TARGETS =
EOF) /etc/init.d/.depend.stop
sudo install -b -m 644 <(<<EOF
TARGETS =
INTERACTIVE =
EOF) /etc/init.d/.depend.start
sudo install -b -m 644 <(<<EOF
TARGETS =
INTERACTIVE =
EOF) /etc/init.d/.depend.boot