Uma possível solução que não requer um reparticionamento (perigoso) seria fazer com que o C dirija a partição ativa. Claro, você precisará usar o reparo do sistema (ou algum outro meio) para instalar o carregador de boot na unidade C ou o sistema não será inicializável!
É provável que o MDT identifique corretamente a unidade C como a partição ativa e coloque o WinPE lá.