Eu nunca usei winexe
antes, mas não vejo por que você não pode fazer a substituição de variáveis shell na linha de comando para winexe
no lado * nix. Eu acho que você só precisa ajustar a substituição da variável shell para fazer o que quiser e está pronto. Aspas duplas em torno da linha de comando do Windows, contendo a substituição $ variable, devem funcionar.