Não com o BitLocker. O BitLocker faz a criptografia completa de disco. Você pode usar a ferramenta de criptografia de arquivos nativa existente em várias versões do Windows Server. Veja Ativando a Criptografia de Arquivos (MSDN).
Usando o Windows Server 2008 R2, existe uma maneira de criptografar uma pasta, não o disco inteiro usando o Bitlocker?
Não com o BitLocker. O BitLocker faz a criptografia completa de disco. Você pode usar a ferramenta de criptografia de arquivos nativa existente em várias versões do Windows Server. Veja Ativando a Criptografia de Arquivos (MSDN).