Não há caminhos absolutos, pois o arquivo de acesso é sempre verificado nos caminhos pai.
O exemplo fornecido na documentação :
AccessFileName .acl
before returning the document /usr/local/web/index.html, the server will read /.acl, /usr/.acl, /usr/local/.acl and /usr/local/web/.acl for directives, unless they have been disabled with
AllowOverride None
Você os deseja em uma base por site - a menos que os sites compartilhem toda a estrutura de diretórios, você pode simplesmente colocá-los no caminho de cada site. Mas, eu recomendaria apenas recarregar quando a configuração for alterada.
Nas palavras imortais da documentação do Apache : "Em geral, você nunca deve use arquivos .htaccess, a menos que você não tenha acesso ao arquivo de configuração principal do servidor. "