Aqui você vai:
echo "Enter file or folder path"
read target
if [ ! -e "$target" ]
then
echo $target does not exist
else
echo Transferring $target
rsync -avzr $target [email protected]:/home/user/target_directory
fi
coloque isso em um arquivo chamado sender.sh. Em seguida, ligue bash sender.sh da linha de comando.
Eu sugiro que você procure opções do comando rsync. Eles podem mudar bastante o comportamento.