Glenn,
O computador inicializa mais rápido sem que os perfis de roaming estejam ativados? Você moveu esse computador para uma UO em que o GPO de perfis de roaming não se aplica? Se você não tiver, por favor, tente isso.
Se os GPOs estiverem configurados corretamente, você não deverá ver um aumento no tempo de logon ao efetuar logon no Server 2008, pois o GPO de Perfis Móveis não deve ser aplicado aos servidores.