Se você deseja ter dois domínios do AD separados em um único servidor, a resposta é não - você não pode fazer isso. Se você quiser dois domínios do AD separados, precisará (no mínimo) dois servidores.
Se você quiser adicionar uma segunda zona DNS a um controlador de domínio que executa o DNS, faça isso por meio do gerenciador de DNS > Adicionar nova zona de pesquisa direta.