Como você realizou essas modificações? Você acabou de modificar alguns dos arquivos que já foram instalados, ou baixou o pacote de código-fonte, modificou isso e construiu um novo pacote? Se você criou seu próprio pacote, então você deve ter gerado um .diff. Se você acabou de modificar o material instalado, veja o debsums.
Ou você sempre pode baixar e extrair ( dpkg -x foo.deb /tmp/bar.dir
) o pacote oficial e depois comparar com os arquivos que você instalou.
Se realmente precisar fazer mudanças locais nos arquivos que estão instalados, sugiro strongmente que você considere aprender como construir seus próprios pacotes Debian.