A Microsoft fornece um utilitário MD5, embora não seja oficial. É chamado "fciv" (File Checksum Integrety Verifier). Ele pode enviar diretamente para o console ou para um arquivo XML, dependendo do que você está fazendo com ele, e ainda tem a capacidade de mergulhar recursivamente em um diretório, se você quiser verificar e toda a hierarquia de VHDs.
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