Isto é apenas um pensamento. Eu não considerei isso mais do que alguns minutos. Mas uma maneira possível de fazer isso seria fazer com que seu aplicativo da Web incluísse o código como uma string e enviasse-o para uma Máquina Virtual para processamento.
Dessa forma, você pode manter seu aplicativo da web que fornece a outra funcionalidade do seu site a partir da execução arbitrária de usuários PHP.
A máquina virtual pode ser configurada para que os scripts PHP que são executados não tenham acesso fora da pasta em que são executados, nenhum acesso a qualquer parte da rede, exceto para receber solicitações de e retornar dados para a máquina host. . Você pode até congelar a VM em um estado para que qualquer alteração feita a ela seja desfeita em uma reinicialização.
Mais uma vez, isso é apenas um pensamento. Pode haver desvantagens que não estou vendo. Uma coisa importante a se lembrar é que você precisa ter certeza de que, em nenhum momento, o servidor PHP na máquina host jamais executará o código que está sendo enviado ou retornado pela VM.