Como você substituiu muito hardware, presumo que você já tenha se certificado de que seu problema não é sobre problemas de temperatura.
E se você experimentar uma distro completamente diferente ao invés do Kubuntu 10.04? Faça o download de alguma outra distribuição ao vivo, por exemplo, o openSUSE ou até mesmo algum sabor do BSD, e veja se eles também reproduzem o congelamento. Dessa forma, você pode ter certeza de que este não é um tipo de bug no Kubuntu 10.04.
Quantos dados você tem nas árvores de diretórios que você está diferenciando? E mais importante, existem apenas alguns arquivos grandes ou um grande número de arquivos pequenos?
Quando você substituiu os discos rígidos, como copiou os dados da unidade antiga para outra? dd_rescue ou algum programa de imagem? Apenas antigo cp
? Se você usou algum tipo de programa de imagem ou dd_rescue e o sistema de arquivos original de alguma forma continha alguma estranha corrupção, talvez o diff atingisse a área corrompida e causasse uma falha? Raro e improvável, mas certamente possível. Assim como é possível que um relâmpago te atinja lá fora.