Você deve configurar regras de firewall para permitir apenas os hosts que precisam acessar o host e bloquear todos os outros. Você poderia fazer algo como o seguinte, mas isso é apenas um trecho ...
trusted_hosts="1.2.3.4 5.6.7.8 7.8.9.1"
for host in $trusted_hosts; do
iptables -A INPUT -p tcp -s $host --dport 3306 -j ACCEPT
done
Isso pressupõe que você tenha definido uma política padrão de descarte com iptables -P INPUT DROP
. Não esqueça de adicionar regras para acesso remoto como ssh com iptables -A INPUT -p tcp --dport 22 -j ACCEPT
.