Na linha de comando do MySQL, dê o comando
SHOW SLAVE STATUS\G
e veja o valor Seconds_behind_ master
.
Ou se você quiser fazer um script que, de alguma forma, o one-liner abaixo retorna quantos segundos atrás do master o slave atualmente é.
mysql -u your_user -e 'SHOW SLAVE STATUS\G' | grep "Seconds_Behi" | awk '{ print $2; }'