Se estamos falando de partições específicas, você pode executar o seguinte remotamente:
dd if=/dev/zero of=/dev/hdxX (or sdx in some cases).
Você também pode usar este comando
shred -vfz -n 1 /dev/hdxX
Se você tiver acesso físico, poderá executar os comandos acima em toda a unidade, se desejar, ou usar isso: