O Memcached não mantém dados no disco. Seu aplicativo deve estar usando o Memcached como um cache e não para qualquer tipo de persistência. Todos os dados devem estar no MySQL e, portanto, seu procedimento de backup não deve ser diferente. Se houver dados importantes armazenados no Memcached, mas não no MySQL, esta é uma séria falha de design do seu aplicativo.
Visão geral do Memcached do MySQL: link