Por que isso é, bem, não é realmente específico para o nginx, a maioria dos daemon tem seu próprio uid / gid por razões de segurança. Se você usa um diretório home ou / usr é totalmente de sua escolha, depende mais da função da máquina - com vários usuários, cada um rodando a partir de seu diretório home pode fazer mais sentido, uma máquina dedicada pode estar melhor de um diretório do sistema ...