A pilha AFP para Linux, na qual o FreeNAS é construído, não é tão robusta quanto o Samba. Como o NetAtalk tem uma base muito menor de clientes do que o Samba, a taxa de melhoria do código é mais lenta e a pressão para otimizar o código não é tão intensa. Os problemas que você nota são muito prováveis devido às diferenças de maturidade de código entre o Samba e o Netatalk.