Fazer juju status
mostrará todas as máquinas em execução. Depende de quais comandos você executa:
juju destroy-service <service-name>
destruirá apenas o serviço. Você provavelmente quer:
juju destroy-unit
ou
juju destroy-machine
Para limpar o que você tem, você pode fazer um juju status
, ver quais máquinas não estão atribuídas a serviços e depois destruí-las referenciando-as por número, como: juju destroy-machine 3
como exemplo.
Tudo isso está documentado aqui: